במדרשת נגוהות אנחנו מחברים את שלושת הערכים - תורה, עם וארץ. המדרשה בנויה על ההבנה שכדי לתת צריך להתמלא. לכן הוקמה מסגרת בה בנות לומדות, מתמלאות, מקבלות ומתוך כך נותנות ופועלות. האני מאמין של המדרשה הוא: "על שלושה דברים העולם עומד. על התורה, על העבודה ועל גמילות חסדים." מערכת הלימוד בנויה משלושת המרכיבים האלה:
שיעורים ברמה של ידע תורני, לימודי אמונה והשקפה, ושיעורי הלכה.
שיעורים שעובדים על בניין האישיות, היכרות ומודעות עצמית, עם דגש על הנשיות שבי, עבודה על המידות.
ובנוסף שיעורים ופעילויות שבונים את היחס לעשיה בחברה, ובפרט לעשיה היומיומית בשירות הלאומי.
הייחודיות מתבטאת גם במגוון התקנים בחינוך ורווחה. ישנם מקומות שירות במוסדות חינוך לא דתיים, מתוך מגמה להביא את התורה לכלל ישראל. למטרה זו מכוונים גם הלימודים בבית המדרש.
המדרשה היא מקום משפחתי וחם, קשוב לבנות, ונותן לכל בת מקום לביטוי. כל זה מתוך חיבור משמעותי ליישוב נגוהות.
בראש המדרשה עומדת קרן לפאיר, תושבת הישוב ומלמדים בה תושבים רבים מהישוב: הרב נחמיה קרקובר, הרב שריאל בן ניסן, הרב יובל לוינגר, הרב אלעד גדות, הרב דניאל לפאיר, הרב אורן שפר, מרים ברלין ועוד.
